A história do seu povo relata que chegaram às margens do rio Paranã negros fugitivos das lavouras de cana de açúcar do litoral, sertão baiano e das minas de ouro.
No registro paroquial mostra a fundação de uma Vila por nome de Flores em 1653 pelo bandeirante Manoel Rodrigues Tomar. Nesta época, já se encontravam famílias africanas instaladas ali. O quilombo tinha o nome de Conceição e era composto por negros e indígenas.
Com a chegada da comitiva e fazendeiros que também fugiram de um grande período de seca no sertão baiano formaram o Arraial Vila de Flores em homenagem ao filho do bandeirante Manoel Rodrigues Tomar apelidado de Flores.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Flores, pela Lei Provincial n.º 14, de 23/07/1835, no município de Forte. Pela Lei Estadual n.º 298, de 15-07-1907, o distrito de Flores foi transferido para o município de Sítio da Abadia.
Em divisão territorial datada de 31/12/19236 e 31/12/1937, o município de Sítio da Abadia passa a ser grafado Sítio d’Abadia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31/12/1943, o distrito de Flores passou a denominar-se Urutágua. Em divisão territorial vigente em 01/07/1950, o distrito de Urutágua figura no município de Sítio d’Abadia. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 01/07/1960.
Elevado à categoria de município com a denominação de Flores de Goiás, pela Lei Estadual n.º 4.926, de 14/11/1963, desmembrado de Sítio d’Abadia. Sede no atual distrito de Flores de Goiás (ex-Urutágua). Constituído do distrito sede. Instalado em 01/01/1964.
Em divisão territorial datada de 31/12/1963, o município é constituído do distrito sede. Em divisão territorial de 2015, o município é constituído de dois distritos: Flores de Goiás e Santa Maria. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.
